Минерал встречается на поверхности в составе лучисто-листоватых агрегатов, в виде сферолитов, почковидно-сферолитовых и натечных агрегатов, бобовидных и шаровидных конкреций, скрытокристаллических и тонкочешуйчатых масс или шестиугольно-таблитчатых кристаллов.
Гидраргиллит образуется при выветривании различных видов алюмосиликатов, хемогенным путем, при гидролизе и разложении силикатов, содержащих алюминий, реже – в результате прохождения гидротермальных процессов при достаточно низких температурах.
Экзогенные процессы выветривания в теплом климате приводят к образованию гидратов глинозема, включая и гидраргиллит, вместе с гидратами железа. Также минерал присутствует в латеритах, которые представляют собой продукты выветривания, распространенные в виде покровов коренных горных пород, состоящие преимущественно из гидроокислов, в состав которых входит соединение Fe2O3, в меньших количествах – Аl2O3 и SiO2.
Гидраргиллит при протекании процессов регионального метаморфизма обезвоживается и переходит в диаспор. В условиях больших глубин минерал может также преобразовываться в корунд, а в присутствии SiO2 переходит в алюмосиликаты или силикаты алюминия. Гидраргиллит может обогащаться гравитационными и магнитными способами, флотацией с применением дополнительных собирателей и химическим методом с обогащением и дальнейшим выщелачиванием.